结局是邪不压正，警察赢了。该电影的最后一个画面是停留在一个魔方上面，呼应了《使徒行者1》的剧情。饰演警察卧底的古天乐在饰演正义警察张家辉的劝说下，决定洗心革面，二人联手打败了坏人，并且救出了古天乐戏中的女儿，而姜珮瑶饰演的正义女记者，同时也是一个黑客，找到了地下组织的具体地位，但却因为炸弹爆炸失去了生命。警察将地下组织一网打尽，古天乐和张家辉重拾兄弟情谊。