杭州南站在东、西广场均设有两个进站口，分别位于一层和二层：一层进站口的门口设有行车道，自驾前往杭州南站乘火车或是送客，需在西广场一层进站口前落客平台下车，从一层进站口进站后，再到二层候车大厅候车。二层进站口的门口没有行车道，如果从这个进站口进站，需步行。

　　西广场的进站口24小时开放，东广场进站口开放时间为6点至22点，夜间出行的市民需从西广场进站口进入候车大厅。